气泡岛位于金苹果群岛的东南方向，玩家需要通过风之翼或泛舟到达。岛屿上分布着多个与水有关的解谜元素，核心任务是解除环绕岛屿的保护气泡。首先需要激活岛上的光柱祭坛，每个光柱对应不同的小谜题。部分祭坛需要利用加重装置，玩家可使用重击技能或携带重量型角色站在装置上触发机关；另一些祭坛则需要找到特殊小球，通过推动或调整位置将其放置在指定区域。完成所有光柱激活后，保护气泡会解除，隐藏领域随即开放。
玩家需击败领域内的敌人，同时解开进阶谜题。部分谜题涉及水位调整，需根据壁画提示将五个水池编号为1至5，并分别调整为不同水位高度。1号水池需保持中水位，4号水池需低水位，5号水池需中水位。调整完成后，返回石柱区域，根据石柱上的刻度数依次踩踏对应数量的石头堆。成功解除机关后，可开启包含原石、摩拉等奖励的宝箱。
部分解谜需将游戏内时间调至午夜1点，水位会自然上浮，露出隐藏的藤蔓路径。沿藤蔓攀爬可抵达高处，点燃周围火把后可解锁珍贵宝箱。岛上分布着多个隐藏宝箱，部分需使用元素视野或特定元素技能触发。火元素角色可点燃遮蔽宝箱的荆棘，风元素角色能驱散遮挡视线的雾气。
开船撞击水泡时，每撞破一个会在附近生成新水泡，连续撞击第八个后会触发岩之印盒子，调查即可获得1万摩拉。建议携带降低游泳体力消耗的角色如北斗，或提前制作补充体力的食物如北地烟熏鸡，以应对长时间海上探索。完成所有解谜后，气泡岛的探索度将达到100%，玩家可领取全部奖励。
